Desa Toapaya Selatan terbentuk dari pemekaran Desa Toapaya pada Tahun 2006, Pemerintahan Desa pertama di pimpin oleh Pjs Kepala Desa Bpk. Ronny Kartika dan pada akhir tahun 2006 telah dilaksanakan pemilihan kepala desa yang pertama secara demokratis dengan Kepala desa terpilih Bpk. Suhenda yang memiliki masa jabatan selama 6 tahun.

Melalui Peraturan Daerah Kabupaten Kepulauan Riau Nomor 8 Tahun 2005, tentang Pembentukan Desa Kuala Sempang, Kelurahan Teluk Lobam di Kecamatan Bintan Utara dan Desa Toapaya Utara, dan Desa Toapaya Selatan di Kecamatan Gunung Kijang yang selanjutnya melalui melalui Peraturan Daerah Kabupaten Bintan Nomor 12 Tahun 2007 Tanggal 23 Agustus 2007 di mekarkan menjadi Kecamatan Toapaya.

Secara administrastif desa ini sekarang dibawah kecamatan Toapaya. Pemekaran dilakukan berdasarkan atas perkembangan jumlah penduduk, luas wilayah, potensi ekonomi, sosial budaya, sosial politik dan meningkatnya beban tugas dan volume kerja di bidang pemerintahan, pembangunan, pemberdayaan dan pelayanan masyarakat.

Pusat pemerintahan desa ini adalah kampung Mantrust (dibaca Mentras). Nama Mantrust berasal dari sebuah pabrik pengolahan nanas pada era enam puluhan. Pabrik pengolahan nanas ini dahulu dikabarkan merupakan pabrik terbesar di daerah Pulau Bintan yang mampu menampung banyak tenaga kerja di daerah tersebut. Pabrik ini merupakan salah satu dari proyek pada masa Orde Lama, yaitu proyek Mercusuar. Namun karena alasan yang tidak jelas pabrik ini akhirnya ditutup.